Egyetemünk az elsők között indította el tudományos és művészeti doktori képzéseit 1993-ban, amikor az új felsőoktatási törvény az egyetemeknek visszaadta a tudományos fokozatadás jogát.

Kezdetben négy karon 7 képzés indult, ma nyolc karon 21 PhD/DLA-képző iskola működik. 1996-tól 2020 első feléig közel 2600 védésre került sor.

Egyedi az országban a tudományegyetemi keretek között működő képző-és zeneművészeti, illetve építőművészeti és építészmérnöki doktori képzés. A képzés 4 éve alatt a hallgatók a legkorszerűbb tudományos és művészeti ismeretek elsajátítása után szerezhetnek abszolutóriumot, majd jelentkezhetnek fokozatszerzésre. A fokozatszerzési eljárás során a jelöltek rangos szakmai bizottságok előtt védhetik meg disszertációjukat, illetve a művészeti területen mesterművüket is.

A PTE 21 iskolájába évente 140 nappali tagozatos, államilag támogatott, illetve 350-400 költségtérítéses doktorandusz vehető fel. A nappali tagozatos PhD/DLA-hallgatóknak az egyetem igény szerint kollégiumi férőhelyet biztosít. A doktoranduszok részt vesznek az egyetemi oktatás egyes formáiban is, ők adják az egyetemi oktatói utánpótlás gerincét.